EPFL - Ecole Polytechnique Fédérale

Hewlett-Packard choisit l'Arc lémanique comme centre de compétence en bio-informatique et bio-simulation

      Lausanne (ots) - Les molécules biologiques sont de très grande
taille. Comment prédire et comprendre la complexité de leur
comportement, la manière dont elles se constituent et réagissent ?
Pour mieux répondre à ces questions, l'EPFL s'associe avec le leader
mondial des ordinateurs de haute puissance et avec l'Institut Suisse
de Bioinformatique.

    Une série d'équations mathématiques peut-elle modéliser les maillons de l'ADN et nous aider à mieux comprendre son comportement ? Afin de relever de tels défis, les scientifiques de l'EPFL pourront dès ces prochains jours s'appuyer sur Janus. Sa rapidité de calcul est impressionnante. Janus est capable de réaliser 200 milliards d'opérations par seconde. Sa venue au cœur du Service Informatique de l'EPFL fait l'objet de toutes les attentions. En effet, cette puissance de calcul, générée par la centaine de processeurs de la machine correspond à la capacité dont ont besoin les scientifiques de l'Institution pour modéliser certains des phénomènes fondamentaux qui régissent la vie. Leur objectif est double : d'une part, il consiste à développer de nouveaux modèles mathématiques, chimiques et physiques qui décrivent les interactions entre les molécules. D'autre part, il vise à faire évoluer les techniques de simulation de manière à pouvoir prédire, et même contrôler, plus précisément ce qui se passe dans la réalité.

    Au-delà des prouesses techniques de la machine, cette nouvelle initiative se distingue avant tout par la capacité des programmes scientifiques à intégrer toutes les compétences, depuis les mathématiques fondamentales, jusqu'à la biologie et à la pharmacogénomique. A l'EPFL, le professeur John Maddocks, par exemple, est l'un des pionniers de la simulation de la structure de l'ADN, alors que la professeure Ursula Roetlisberger travaille sur des nouvelles techniques pour simuler et comprendre le mécanisme de formation des très grandes molécules chimiques et biochimiques. Ces approches sont complémentaires aux travaux menés par l'Institut Suisse de Bioinformatique (ISB) qui a acquis une réputation mondiale dans l'analyse et l'organisation de l'information biologique et de la protéomique. Afin d'appuyer la collaboration entre les chercheurs en bio-simulation et les bioinformaticiens, l'EPFL met à disposition des chercheurs de l'ISB une partie de la puissance de calcul de sa nouvelle machine, en attendant la mise en œuvre d'autres projets déjà planifiés entre l'ISB, l'EPFL et les Universités de Lausanne et de Genève.

    " Nous avons choisi d'investir dans ce programme scientifique parce qu'il comporte une capacité unique à réunir biologie, mathématiques et ingénierie. La région lémanique fait office de pionnier au niveau mondial ", explique Lionel Binns, Director of Life science chez Hewlett-Packard. Le leader mondial de l'informatique de haute puissance a donc décidé d'investir dans ce programme, non seulement financièrement, mais aussi en compétences, puisqu'il déléguera des ingénieurs de recherche au sein de l'EPFL. " Ce partenariat est un exemple du type de collaboration que l'EPFL souhaite établir avec les industriels, car il conjugue intérêt académique fondamental et transfert de technologie concret ", explique Stefan Catsicas, Vice-Président pour la recherche à l'EPFL.

    Janus, composé de 25 nœuds (25 modules de 4 processeurs Alpha de la dernière génération, reliés entre eux par un réseau ultra-rapide Quadrics) se distingue par sa vitesse de calcul, mais aussi par sa polyvalence. Son utilisation n'est donc pas restreinte aux sciences de la vie. Elle est ouverte à l'ensemble des scientifiques et des ingénieurs de l'EPFL. " Les mathématiques et la simulation numérique font partie de nos domaines prioritaires. A l'instar de la physique des plasmas, la mécanique des fluides ou la physique du solide, la biologie stimule l'émergence de technologies inédites que l'on peut transférer à d'autres domaines scientifiques ", affirme Stefan Catsicas. Une manière de stimuler la recherche au-delà des disciplines, stratégie chère à l'EPFL.

    Informations complémentaires:

http://www.epfl.ch/pressinfo

Hewlett-Packard : Dominique Gillot, Life Science Manager Europe : +41 79 217 12 37

EPFL : Marie-Christine Sawley, adjointe scientifique : + 41 79 379 21 72



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